Synagoga byla postavena v letech 1905-1907 židovskou obcí v Podmoklech v secesním stylu s maurskými prvky. Židovská obec sbírala potřebné finanční prostředky od roku 1892. Je to jediná židovská stavba v regionu, která přežila řádění nacistů v roce 1938 i období socialismu.
Po roce 1989 se židovská obec znovu obnovila a od roku 1994 je synagoga v jejím vlastnictví. Od roku 1997 byla budova rozsáhle rekonstruována. Dnes se v ní opět konají židovské bohoslužby. V dolním patře budovy je několik místností, které využívá nejen obec, ale i široká nežidovská veřejnost pro akce, jako jsou koncerty nebo výstavy.
