Pro finanční podporu přeshraničních projektů existují různé možnosti financování.
S Fondem malých projektů řízeným Euroregionem Elbe/Labe mohou projekty získat dotaci až do výše 15 000 eur. Fond se zaměřuje především na setkávání lidí na obou stranách hranice, ale lze jej využít i na mnoho dalších neinvestičních projektů. Fondy malých projektů jsou také dostupné v mnoha dalších příhraničních regionech.
Program spolupráce Česká republika-Sasko 2014-2020 (v rámci pilíře EU INTERREG V A) podporuje projekty v česko-saském pohraniční oblasti ve čtyřech tematických oblastech. Částka dotace může činit několik milionů eur, žádost je možné předkládat průběžně. Dotační prostředky na období 2014–2020 jsou již bohužel vyčerpány.
Podle směrnice Svobodného státu Sasko pro meziregionální spolupráci (krátce: Regionální činnost) mohou být financovány malé projekty především v oblasti setkávání dětí a mladých lidí do výše 5 000 eur. Žadatelé o dotaci z Regionální činnosti mohou být pouze saské instituce.
Česko-německý fond budoucnosti se sídlem v Praze podporuje velké množství projektů, které slouží porozumění mezi Čechy a Němci. Finanční příspěvky obvykle nepřesahují 100 000 eur.
V rámci Evropské územní spolupráce podporuje pilíř INTERREG B projekty s několika partnery alespoň ze tří zemí. Financovaní projektu může činit několik milionů eur. Žádost se podává po pravidelných tematických výzvách.
Dalším pilířem EÚS je v rámci INTERREG C podpora meziregionální spolupráce, tj. regionů v Evropě, které nemají společnou hranici. Jedná se především o výměnu zkušeností. Rozsah projektu je omezen na několik 10 000 eur.