Po velkém požáru města v roce 1765, který zničil i dřevěnou synagogu, trvalo několik let, než židovská obec v Úštěku získala povolení ke stavbě nové modlitebny z kamení z místního lomu.
Synagoga, dostavěná v letech 1791-1794 v klasicistním slohu, se nachází na skalnatém výběžku strmého svahu. V pozdější době byla přistavěna novorenesanční chodba a dvě malé místnosti pro školu a pro ubytování učitele. Z tohoto období pocházejí ornamentální malby s maurskými motivy.
Po druhé světové válce byla budova uzavřena a chátrala, než byla v letech 1993-2003 renovována. Dnes nabízí návštěvníkům komentované prohlídky svých jedinečných interiérů a exteriérů a také výstavu připomínající místní židovskou komunitu.
V jejím sousedství se nachází také zrekonstruovaný dům rabína a další domy a zbytky ulice židovské čtvrti.
